Początkowo Gerdę Wegener miała zagrać Charlize Theron, ale zrezygnowała z roli. Do zastąpienia jej brano pod uwagę Gwyneth Paltrow, Marion Cotillard oraz Rachel Weisz, jednak również one opuściły projekt.
Reżyserii podjąć się miał Tomas Alfredson, jednak zrezygnował z projektu.
Przez wiele lat Nicole Kidman planowała zagrać rolę Einara Wegenera/Lili Elbe oraz wyprodukować film.
Zdjęcia do filmu kręcono w Kopenhadze (Dania), Londynie (Anglia, Wielka Brytania), Brukseli (Belgia) i Berlinie (Niemcy).
Okres zdjęciowy trwał od lutego do 12 kwietnia 2015 roku.
Obrazy w filmie zostały wykonane przez scenografa Eve Stewart i brytyjską artystkę Susannah Brough. Nie były one dokładnymi replikami prac Gerdy Wegener. Powodem zmian był brak podobieństwa prawdziwej Lili do postaci, którą grał Eddie Redmayne. Oryginalny portret baletnicy Ulli Poulsen również został zmieniony tak, by przypominał twarz Amber Heard.